Nguyễn Ánh – Gia Long là người hiểu về vị trí quan trọng của biển bởi một phần đời của ông phải sống trên biển; con người ấy hẳn nhiên biết quý trọng biển cả. Bàn về cơ lược dùng binh, nhớ tới những năm tháng bôn ba, Gia Long dụ rằng: “Côn Lôn, Phú Quốc, Thị Nại, Cù Mông trẫm cùng với các tướng sĩ các ngươi đã trăm trận đánh vất vả mới có ngày nay. Lúc yên đừng quên lúc nguy. Đó thực là đạo giữ nước yên dân” [7, 811]. Chính vì thế, bảo vệ quốc gia từ phía biển luôn được Gia Long quan tâm, đề phòng bằng những hệ thống phòng thủ vùng biển cũng như việc tuần tra, khẳng định chủ quyền trên vùng biển, đảo.
Năm 1803, nước Hồng Mao (Anh) “sai sứ đến dâng phương vật, dâng biểu xin thông thương. Lại xin cho người nước ấy ở lại Đà Nẵng, đi lại buôn bán”. Gia Long cho rằng: “tiên vương kinh dinh việc nước, không để người Hạ lẫn với người Di, đó thực là ý đề phòng từ lúc việc còn nhỏ. Người Hồng Mao gian giảo trí trá, không phải nòi giống ta, lòng họ hẳn khác, không cho ở lại, ban cho ưu hậu mà khiến về, khước từ những phương vật mà họ hiến” [7, 603]. Sau đó Hồng Mao thêm hai ba lần dâng thư xin thông thương, Gia Long đều không bằng lòng, tất cả chỉ là ý đề phòng từ xa.
Tháng 9 năm 1806, làm xong sách Nhất thống dư địa chí: núi sông hiểm trở, đường xá xa gần, giới hạn, nguồn sông, cửa biển… đều phải chép hết, để phục vụ cho sự hiểu biết về vùng biển, phục vụ đắc lực trong công tác hải vận và tuần phòng.
Đại Nam nhất thống toàn đồ vẽ thời Minh Mạng cho biết diện mạo khác hoàn chỉnh của cương vực, lãnh thổ Việt Nam. Các cửa sông, cửa biển, tấn sở được ghi chép ở miền Trung như sau: Chính Đại, Hãng tấn, Bạng tấn, Cờn hải, Hội hải, Nhượng hải, Tấn hải, Khẩu hải, Linh giang, Nhật Lệ, Tùng dương, Việt An, Thuận An, Tư Hiền, Cảnh Dương, Chu Mại, Hải Vân, Câu Đê hải khẩu, Đại Cát, Đại Cát Mặc, Thị Nại, Xuân Đài… [xem bản đồ].
Nhà nước thường xuyên tổ chức thăm dò, đo vẽ cửa biển, đường biển phục vụ cho vận tải và quân đội. Đây là nhiệm vụ thường xuyên của các cửa biển, do quan Trấn thủ, Thủ ngự chỉ huy. Tài liệu cho biết: Tháng Giêng năm 1813, “hạ lệnh cho các trấn thủ dọc biển các địa phương đo những nơi các cửa biển sở tại, sâu nông rộng hẹp thế nào, hàng năm cứ đến mùa xuân mùa đông thì dâng đồ bản lên. Bộ Công sẽ đưa đồ bản cho các đội thuyền vận tải của thủy quân để cho biết đường thủy khó dễ thế nào” [7, 856]. Tháng 2-1815, sai đội Hoàng Sa là bọn Phạm Quang Ảnh ra đảo Hoàng Sa thăm dò đường biển [7, 898].Tháng 3-1816, “sai các dinh trấn, xem đo đường biển cách nhau xa gần bao nhiêu, vẽ bản đồ dâng lên và sai thủy quân và đội Hoàng Sa đi thuyền ra Hoàng sa để thăm dò đường thủy.” [7, 922]. Tháng 6-1817, thuyền Mã Cao đậu Đà Nẵng, đem địa đồ đảo Hoàng Sa dâng lên. Thưởng cho 20 lạng bạc [7, 950]. Tháng 3-1820, Minh Mạng giao cho quan thủ ngự còn có nhiệm vụ “cắm tiêu” tại những cửa biển để hướng dẫn thuyền qua lại” [8, 55].Như thế từ đầu việc xác định cương giới đã được ý thức rất sớm và đúng đắn.
Muốn bảo vệ vùng biển, không chỉ hiểu biết đường biển, vùng biển mà còn cần một lực lượng thủy binh mạnh, biết chiến đấu hiệu quả trên biển. Gia Long đã rất quan tâm tới thủy binh, hàng năm cứ tháng Giêng lại tiến hành thao diễn phép chèo thuyền. Trong những ngày lễ này, vua mặc áo trận, đeo gươm và ban phát hiệu lệnh [7, 541].
Thủy quân và thuyền chiến thời Nguyễn thực sự hùng mạnh trong khu vực, lại được huấn luyện theo binh pháp châu Âu. Từ năm 1789, theo lời khuyên của Bá Đa Lộc, “Nguyễn Ánh ra sức tăng cường thủy binh, trở thành lực lượng thủy binh mạnh nhất chưa từng có ở vùng biển Ấn Độ” [6, 50]. Tài liệu người Anh đến Phú Xuân năm 1819, cho biết nhà Nguyễn có tới 2530 chiến thuyền các loại và “bất cứ lúc nào nhà vua cũng có thể huy động thêm thuyền buôn và thuyền chài đi lại chi chít ngoài ven biển” [6, 24].
Thời Minh Mạng, thủy quân tiếp tục được chú trọng, dụ năm 1825, cho biết “nay thủy quân ở kinh, hiện đã đặt thêm nhiều, mà các địa phương ven biển cũng đều có thủy quân… Tất cả phải diễn tập cho tinh thạo, phòng khi dùng đến [5, 395], còn về phòng thủ thì “những chỗ xung yếu ở gần bể như cửa bể Thuận An, cửa bể Tư Dung không đâu là không lập pháo đài” [10, 237].
Hội điển chép về việc diễn tập thuyền bè khá chi tiết. Như đầu thời Nguyễn, đã chuẩn định các cơ đội thủy sư thao diễn thuyền hải đạo bao gồm các cơ: Tả thủy, Tiền thủy, Hậu thủy, Hữu thủy, Tả dực, Hữu dực, Tiền dực; các đội Tả thủy, Hữu thủy, Tiền thủy, Tả bính, Tiền bính, Hậu bính, Bố phường, doanh Hữu thủy; có 12 đội nội thủy, quả là một lực lượng hùng hậu; “lại rước vua ra cửa biển Noãn Hải duyệt quân Diệu thủy thao diễn thuyền chiến ở các cửa biển Tư Hiền, Đại Chiêm” [5, 393-394]. Về sau chuẩn: lấy ngày 1 tháng 5 thao diễn thuyền quân hải đạo [5, 399]. Việc thao diễn của các loại thuyền được Hội điển ghi chép kỹ ở quyển 157, và lưu ý rằng thuyền bọc đồng ở Sơn Trà cũng thao diễn: “mỗi tháng hai lần hoặc một lần ra biển thao diễn, cần được thông thạo” [5, 404].
Các vua đầu triều Nguyễn đương thời đều thân hành xem xét các cửa biển, đặc biệt là cửa Thuận An và Đà Nẵng và có những đánh giá rất cao về vị thế chiến lược của các cửa biển này. Như năm 1830, Minh Mạng xem pháo đài Trấn Hải và đánh giá: “thật là thành bằng đồng và hào chứa nước sôi của Kinh sư vậy” [10, 240-241].
Minh Mạng năm thứ 10 (1829), dụ rằng: “bờ cõi nước ta dài theo ven biển, vốn dùng binh thuyền làm nghề sở trường. Triều Lê bỏ việc võ bị ở ven biển, nhà Tây Sơn thao diễn hải quân không được tinh thục, để cho đến nỗi mất nước. Đức hoàng khảo Thế tổ Cao hoàng đế nhà ta, khôi phục đất cũ, uy danh dậy khắp bốn phương, phần nhiều nhờ sức thủy quân, nay dẫu ở lúc thời bình, càng không nên bỏ qua, phải sức cho quân lính thao diễn ngày thêm thuần thục, lại nhân thể tuần tiễu ngoài khơi, cũng là làm một việc mà được cả hai điều tiện lợi. Mới khiến thủy quân tuần tiễu phận bể, từ Quảng Trị trở về phía bắc đi lại thao diễn, lại sai các địa phương ở gần hải phận, xem xét có những kẻ đá nằm ngầm đáy nước, sâu nông rộng hẹp thế nào, vẽ thành đồ bản giao cho thủy quân để biết chỗ nào hiểm trở, chỗ nào bằng phẳng” [9, 293].
Khi cử Nguyễn Tri Phương vào giữ chức Tuần phủ Quảng Nam, Quảng Ngãi năm 1840, Minh Mạng nói về việc phòng giữ cửa biển là để “bọn giặc dù muốn dòm nom cũng không thể thừa được sơ hở của ta. Đó là kế hoạch lớn, ràng rịt cửa tổ ngay từ lúc chưa mưa, để giữ vững bờ cõi của mình” [10, 275].
Vừa thao diễn lại kết hợp tuần tiễu là việc làm có nhiều điều lợi, được Minh Mạng quan tâm. Năm 1831, binh thuyền đi tuần tra mặt biển “đi lại diễn tập, phóng chạy, đều hướng vào chỗ sâu và các đảo lớn, đảo nhỏ, đi tuần quanh khắp hết, cần khiến cho lúc tiến lúc dừng đều được rèn kỹ, đường biển đều biết hết cả”[5, 395].
Thiệu Trị nhiều lần xuống Thuận An, có một lần (5-1847) ông xuống Thuận An xem tập thủy trận, hôm sau “đem ra 8 bài thơ vịnh cảnh Thuận An cho các quan xem” [1, 349].
Với việc thăm dò ráo riết cũng như sự xuất hiện này càng nhiều các hạm đội phương Tây trên vùng biển Việt Nam, tháng 10-1839, Minh Mạng sai phái thuyền ra ngoại dương “làm việc công”. Minh Mạng cho biết mục đích của nó: “Không phải để mua hàng hóa mà để biết rõ núi sông phong tục, nhân vật, xem kỹ la bàn, ghi chép rõ ràng cho biết phương hướng… Ta phái binh thuyền đến nước ngoài là muốn quen đường biển và biết tình thế phong tục các nơi, không phải để cầu lợi” [4, 53].
Về hải đảo, các vua Nguyễn tiếp tục có cái nhìn đúng đắn về các quần đảo của Đại Việt. Đó là sự kế thừa cái nhìn hướng biển của cha ông. Giáo sư Hoàng Xuân Hãn trong khảo cứu Thử đặt vấn đề Hoàng Sa, phân tính các tài liệu của Lê Quý Đôn (Phủ biên tạp lục), Phan Huy Chú (Lịch triều hiến chương loại chí); các bản đồ thời Lê, toàn tập Thiên Nam lộ đồ của Maspéro (1741) và Giao Châu chí cũng của Maspéro để lại, có bức đồ “Quảng Nam xứ” (đời Lê), rồi “Hồng Đức bản đồ” “Thuận Hóa địa đồ nhật trình”, “Quảng Nam địa đồ nhật trình”,…Giáo sư kết luận: “Về các bản đồ trước thời Gia Long cho biết rằng “bãi” Tràng Sa hoặc Cát Vàng được coi là phần quan trọng của đất Việt” [3, 8-11].
Với cái nhìn đúng đắn, năm 1816 Gia Long tiếp tục khẳng định chủ quyền ở Hoàng Sa. Sự kiện này cũng được người Anh quan tâm, linh mục Taberd đã viết về Hoàng Sa trên hai số báo: “tuy rằng cái thứ quần đảo này không có gì ngoài đá tảng và những cồn lớn nó hứa hẹn nhiều bất tiện hơn lợi, vua Gia Long đã nghĩ tăng lãnh thổ bằng cách chiếm thêm cái đất buồn bã này. Năm 1816 ông đã tới long trọng cắm cờ ông và chính thức giữ giữ chủ quyền các hòn đảo này, mà hình như không một ai tranh giành với ông” [3, 11].
Trên thực tế, chỉ một thời gian ngắn quần đảo này lại có giá trị lớn: “những đảo ấy đáng lẽ không giá trị nếu nghề chài ở đó không phồn thịnh và không bù hết mọi nguy nan cho kẻ phiêu lưu. Từ lâu đời, những thuyền phần lớn là từ Hải Nam tới đã hàng năm thăm các bãi nổi này và tiến hành cuộc viễn du ra xa đến tận bờ đảo Borneo… Chính phủ An Nam thấy những món lợi có thể mang lại nếu một ngạch thuế được đặt ra bèn lập những người trưng thuyền và một trại quân nhỏ ở chỗ này để thu thuế mà người ngoài tới đây đều phải trả và để bảo vệ người đánh cá bản quốc” [3, 12].